Подготовка магистра в большей степени направлена на научно-исследовательскую и преподавательскую деятельность.
Обучение по магистерской программе заканчивается сдачей государственных выпускных экзаменов и защитой магистерской диссертации.
Для поступления в магистратуру ИКНТ в 2017 году в качестве вступительного испытания необходимо сдать междисциплинарный экзамен.